Existem inúmeros Painéis de Azulejos, em tons de azul, na entrada do templo, no Altar e na Sacristia, retratando cenas alusivas à São Francisco de Assis — seu nascimento e renúncia aos bens materiais, trabalhos pintados por Bartolomou Antunes de Jesus, um dos grandes mestres da azulejaria de Portugal.
OBS:. Os azulejos estão sendo restaurados.